Op het einde van de 15e eeuw verdween het Bourgondische hof voor altijd uit Brugge, waarmee een tijdperk van ongebreidelde bloei werd afgesloten. Ondertussen was door de verzanding van de kuststreek Brugge niet meer vlot toegankelijk voor zeeschepen. Brugge verspeelde haar eersterangspositie aan Antwerpen. De wolhandel verplaatste zich ook naar Antwerpen, maar Brugge bleef het centrum voor de productie van luxeproducten en kunst.
In 1548 kwam Brugge in Spaanse handen. Door de godsdienstoorlogen en de afsluiting van de zee begon voor Brugge het verval. Na de Spaanse overheersing (1524-1713) werd Brugge achtereenvolgens aangehecht door Oostenrijk (1713-1795), Frankrijk (1795-1815), en Nederland (1815-1830).
Brugge werd in de 19e eeuw langzamerhand een arme stad en miste ook de industrialisatie.
Op het einde van deze eeuw werd Brugge echter opnieuw beroemd door de roman ’Bruges la Morte’ van Georges Rodenbach. Zijn boek beschrijft Brugge als een ingeslapen , dode maar mysterieuze stad. Ondermeer door deze roman kreeg Brugge opnieuw faam in Europa als kunststad en later als toeristisch centrum.